Program studi pendidikan matematika pertama kali didirikan pada tahun 1982/1983 dengan nama jurusan Tadris Matematika. Pada waktu itu jurusan ini didirikan untuk memenuhi kebutuhan guru matematika Madrasah Tsanawiyah, Madrasah Aliyah di lingkungan Depertamen Agama di wilayah Riau. Namun kemudian pada tahun pelajaran 1989/1990, berdasarkan kebutuhan guru matematika di lingkungan depag provinsi Riau dianggap sudah terpenuhi, maka pada tahun tersebut jurusan tadris matematika IAIN SUSQA Riau ditutup.
Seiring perkembangan Provinsi Riau, kebutuhan guru matematika juga semakin meningkat. Peningkatan ini bukan hanya pada sekolah yang bernaung pada Depdiknas namun juga di lingkungan Depag provinsi Riau yang menginginkan guru-guru matematika yang berlatar belakang pendidikan agama, maka tahun 2001/2002 jurusan pendidikan matematika dibuka kembali hingga sekarang.
Program Studi Pendidikan Matematika FTK UIN Suska Riau dirancang sebagai penyelenggara kegiatan akademik dan profesional dalam bidang pendidikan matematika yang bernuansa islami. Program studi ini dipersiapkan untuk menghasilkan sarjana pendidikan matematika yang memiliki kemampuan akademik dan profesional yang handal dalam materi matematika, penyusunan kurikulum, perencanaan, metodologi dan evaluasi pendidikan serta pengembangan mutu pembelajaran matematika di madrasah-madrasah dan sekolah-sekolah umum.
Program Studi Pendidikan Matematika saat ini memiliki 23 orang dosen tetap dengan rincian 3 orang (S3), dan 20 orang pendidikan S-2. Selain itu terdapat beberapa orang dosen tidak tetap yang membantu dalam proses pembelajaran pada program studi pendidikan matematika. Program studi Pendidikan Matematika telah diakreditasi sejak tahun 200. dan mendapat peringakat akreditasi B dengan nomor SK BAN PT: No. 035/BAN-PT/Ak-XI/S1/1/2009, tertanggal 10 Januari 2009-2014. Kemudian mengajukan untuk direakreditasi pada tahun 2014, dan kembali memperoleh peringkat akreditasi B dengan nomor SK BAN PT: No. 454/SK/BAN-PT/Akred/S/XI/2014, tertanggal 21 November 2014-2019.